作为境内源泉所得实际归属者的非居民或外国法人，如需适用税收协定限制税率，应向扣缴义务人提交限制税率适用申请书及证明其为实际归属者的文件（《所得税法》第156条之6第1款、《法人税法》第98条之6第1款）。未提交或无法确认实际归属者时，按国内法税率扣缴（股息、使用费为支付金额的20%），其后可在5年内申请更正。
税务问题的重心在支付方
韩国公司向境外母公司分配股息，或向境外交易方支付技术使用费、借款利息时，程序的重心不在收款方，而在支付方。《所得税法》第156条第1款与《法人税法》第98条第1款规定，向非居民或外国法人支付与境内营业场所无实质关联或不归属于境内营业场所的境内源泉所得者，应在支付时源泉扣缴税款，并于扣缴之日所属月份的次月10日前缴纳。收款方为个人时适用《所得税法》，为法人时适用《法人税法》，但结构相同。《法人税法》第93条将外国法人的境内源泉所得划分为利息所得、股息所得、使用费所得等，税率因所属类别而异，因此应先确认支付的实质，而非合同上的名称。以“服务费”名义汇出的款项，若实际上是使用技术或权利的对价，便可能被归为使用费。《法人税法》还规定，未扣缴或未在期限内缴纳时，管辖税务署长将向扣缴义务人加计相应金额征收，因此负责汇款的财务人员需要了解这一程序。
先看国内法税率，再看协定
在查看协定之前，国内法税率是出发点。《所得税法》第156条第1款与《法人税法》第98条第1款以支付金额的比例规定应扣缴金额：股息所得为支付金额的20%，使用费所得同样为20%；利息所得中，国家、地方自治团体及内国法人发行债券的利息为14%，其他利息为20%。关键在于，这些税率是未能适用协定时直接使用的默认值。韩国签订的税收协定，往往对股息、利息、使用费规定所得来源国可课税的上限，该上限即限制税率。但税率与适用要件因协定而异，同一协定内也可能因要件不同而有所区别。因此，不应凭记忆套用某一协定的数值，而应就每笔支付确认对方的居住国与所得种类，再对照相关协定条文。若在此阶段预先算出国内法税率与协定税率的差额，便可提前告知交易方文件未能及时到位时将产生的差额。
限制税率适用申请书与实际归属者证明文件
协定上的较低税率并不会自动适用。《所得税法》第156条之6第1款规定，作为境内源泉所得实际归属者的非居民如需适用税收协定规定的限制税率，应向扣缴义务人提交限制税率适用申请书及证明其为境内源泉所得实际归属者的文件；《法人税法》第98条之6第1款对外国法人作了相同规定。关键词是“实际归属者”。名义上收款的公司位于协定对方国并不足够，判断标准是该所得实际归属于谁。通过境外投资机构支付时，由投资机构向实际归属者收取文件，连同载有明细的境外投资机构申报书一并提交给扣缴义务人。由于扣缴在支付时进行，实务上文件必须在支付日之前到位，才能适用限制税率。对方国居民证明等需在境外办理的文件往往耗时，因此一旦确定股息决议或使用费结算日期，宜立即向对方索取。文件的具体格式与提交方法由总统令规定。
没有文件就按国内法税率扣缴，收到的文件须于次年2月底前提交
《所得税法》第156条之6第3款规定，扣缴义务人发现所提交的申请书等有遗漏或不完备事项时可要求补正；未收到申请书等，或无法通过所提交文件确认实际归属者等符合总统令规定事由时，应不适用限制税率，按第156条第1款各项金额扣缴。也就是说，在文件不完整的情况下，支付方不能自行适用较低税率。即便交易方要求按协定税率处理，若文件未备齐，支付方的正确做法是先按国内法税率扣缴，再说明事后更正的方法。收到文件的扣缴义务人也仍有工作要做。同条规定，应将所收到的申请书等于该境内源泉所得支付日所属年度的次年2月末日前提交给纳税地管辖税务署长；扣缴义务人停业或歇业时，为停业日或歇业日所属月份的下下个月末日前。为避免只收取申请书而漏交税务署，宜按每笔支付建立清单管理。
已按国内法税率扣缴的，可在5年内申请更正
若因文件迟到而按国内法税率扣缴，或所适用的限制税率有误，事后仍有更正途径。《所得税法》第156条之6第5款规定，未能适用限制税率的实际归属者如需适用限制税率，实际归属者或扣缴义务人可自税款被扣缴之日所属月份的次月11日起5年内，向扣缴义务人的纳税地管辖税务署长申请更正。《法人税法》第98条之6对外国法人也设有相同结构的更正请求规定。可申请者不仅包括实际归属者，也包括扣缴义务人，这一点在实务中很有用。若境外对方难以直接与韩国税务署沟通，可考虑由支付方办理该程序。但更正请求并非一经申请即确定结果，实际归属者的证明是否充分将被再次审查。因此关键在于借此机会备齐扣缴时未能取得的文件。5年看似很长，但考虑到境外文件的办理与翻译所需时间，宜从容提早准备。